- Başkan Yardımcısı olduğu TİKAD (Türkiye İş Kadınları Derneği) 2006 yılı “TBMM Üstün Hizmet Ödülü”nü almaya hak kazanmıştır.
- 2019 yılında Atatürk’ün Samsun’a çıkışının 100. Yılında Prof Dr. Zehra Neşe Kavak Türkiye’nin 100 öncü kadını arasında gösterilmiştir.
- 8 Mart 2008 tarihinde Milliyet Gazetesi tarafından Türkiye’nin en önemli 10 kadınından biri olarak gösterilmiştir.
- 2007 yılı Ekim ayında Romanya Perinatoloji Derneği Onur Üyesi olarak seçilmiştir.
- 2006 yılı Süleyman Demirel Üniversitesi “Topluma Katkı Ödülü”nü almıştır.
- 17 Şubat 2017’de Hindistan Bombay’de 4. Dünya Kadın Liderlik Kongre ve Zirvesi’nde ‘Woman Super Achiever Award’ (Süper Başarılı Kadın) ödülünü almıştır.
- Mart 2017’de Londra’da EBA (Europe Business Assembly) Oxford tarafından 2016 yılının Academic Hospital adına “En İyi Hastane ve En İyi Hastane Yöneticisi” ödüllerini almaya layık görülmüştür.
- Temmuz 2017’de İsviçre Lucerne’de gerçekleşen Liderler Zirvesi’nde “Avrupa Kalite Ödülü”ne layık görülmüştür.
- Ekim 2017’de European Property Awards/Londra’da Academic Hospital adına “En iyi Hastane Mimarisi ve İç Mimarisi” ödüllerini almıştır.
- 10 Aralık 2018 tarihinde Amerika’da düzenlenen ESQR (European Society for Quality Research) ödül töreninde Academic Hospital adına “Best Quality Leadership Award 2018” ödülüne layık görülmüştür.
- Prof. Dr. Zehra Neşe Kavak, 18 Haziran 2019’da Tüm Bürokratlar ve İş İnsanları Federasyonu’nun (TÜMBİFED) düzenlediği Akademi Kültür ve Bilim Ödülleri gecesinde akademik ve sağlık alanında gerçekleştirdiği özgün çalışmalarla “Jüri Özel Ödülü” ne layık görülmüştür.
- 2004 yılı Kültür Üniversitesi “Yılın En Yürekli Kadını” ödülünü almıştır.
- 14 Haziran 2019’da International Management Development tarafından Kıbrıs’ta düzenlenen World Business Congress’te “IMDA 2019 Most Successful International Management of the Year” ödülünü almıştır.
- 8 Mart Dünya Kadınlar Günü nedeniyle 2006 yılı Uluslararası Lions Dernekleri “Tıp Dalında Üstün Hizmet” ödülünü almıştır.
- 2006 yılı “Melvin Jones” ödülüne layık görülmüştür.
- Sanayi Odası 2006 yılı “Yılın Bilim Kadını Ödülü”nü almıştır.
- 2008 yılı Lyons Klüpleri tarafından “Tıpta Üstün Hizmet Ödülü”nü almıştır.
- 8 Mart 2013 Dünya Kadınlar Günü nedeniyle, İstanbul Lyons Klüpleri ve Samsun Sanayi Odası tarafından Onur ödülüyle taltif edilmiştir.
- 8 Mart 2015’te Aysha Dergisi tarafından “Yılın Bilim Kadını Ödülü”nü almıştır.
- Prof. Kavak, 2000 yılı “Marmara Üniversitesi Üstün Başarı Ödülü”nü almıştır.
- 2001-2002-2004 yılları “Marmara Üniversitesi Teşvik Destek Ödülü”ne layık görülmüştür.
- 2002 yılı “Siyaset Dergisi Yılın Sağlık Ödülü”nü almaya hak kazanmıştır.